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3-LA GUERRE DE CENT ANS
Il semble que le monastère fut touché dès 1356 par les troupes du « Prince noir » ou au moins par les anglais à sa solde ce qui entraîna l’abandon de cultures dans certaines parties du domaine des chartreux.
Vers 1365 Le château d'Ambur est occupé par les routiers
jusqu'en 1375 ou Le duc de Bourbon arrive devant
la " forteresse
dLa chronique du bon duc Loys de Bourbon / [par Jean d'Orronville dit
Cabaret] ; publiée, pour la Société de l'Histoire de France.1876'.
Les conséquences
Il parait donc probable que durant cette période les dommages se sont poursuivis pour le monastère. ce qui explique peut être qu'en 1435 le chapitre général autorise le prieur du port en cas de danger de quitter la chartreuse et de se retirer dans un lieu fortifié. La tradition évoque aussi une destruction de la chartreuse depuis le lieu de Chavaroche (situé au Nord du site). Cet événement est peut être à relier avec le legs d’un drap d’or et de 200 livres que fit Seguin de Badafol capitaine routier anglais, pour être enterré au Port Sainte Marie un règlement qui devait être réalisé par Bonnet Noël receveur du fouage d'Auvergne. Cette situation obligea les moines durant les années suivantes à remettre en valeur le sol. Ils durent aussi à cette période se heurter aux prétentions de Guillaume de Gimel, seigneur d’Ambur qui tenta de remettre en cause les possessions des chartreux.
La fin du XIVème et le XVème siècle vont marquer un tournant dans l’histoire de la communauté du Port Sainte Marie. Les moines, ne pouvant plus s’appuyer sur les donations et ayant dû affronter les procès et les ravages de la guerre, ont fait évoluer leur conception de la "clôture". A l'intérieur de leur désert, ils autorisent la création d’une chapelle privée avec des sépultures laïques, celles de Gilbert IV Motier de La Fayette et de son épouse Isabeau de Polignac. A l'extérieur, ils acquièrent dès 1419, une maison à Riom pour se réfugier en cas de danger. C’est à cette époque aussi qu’ils durent affronter les prétentions des seigneurs locaux et celles des paysans sur le domaine forestier où ils détenaient des usages.
Différents écrits semblent indiquer que la chartreuse eut aussi souffrir des guerres de religion. Selon Imberdis en 1590 la chartreuse aurait été pillée par les partisans de la réforme :
« .. Néanmoins un détachement huguenot se signala sous le rapport du butin qu'il accumula dans une seule semaine; il se divisa et se porta simultanément, ventre à terre, sur des points écartés ou il tomba comme la foudre après avoir envahi la chartreuse du Port- Sainte-Marie à deux lieues de Pontgibaud, sur les bords de la Sioule, et porté la dévastation dans ce monastère, placé au milieu des bois, malgré la résistance des religieux qui se défendirent courageusement dans leur solitude ». Une petite note écrite par un moine vers l'an 1600 indique que les environs de la chartreuse furent grandement troublés à cause de la religion à la fin du XVIème siècle. Enfin, différents textes en lien avec l’union du prieuré de Chambonnet à la chartreuse dans les années 1610 évoque le besoin de réparation de la chartreuse « grandement ruyné par les guerres passées ».
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